Насчет ограничения области действия - все правильно. Если Вам нужно менять ссылки и на других сайтах (на гугле?) достаточно в меню greasemonkey выбрать "Manage User Scripts", и добавить для этого скрипта нужный сайт в окно Include Pages (или поставить туда '*', чтобы скрипт работал на всех сайтах).

А вообще, - правьте на здоровье. Сама концепция пользовательских скриптов к этому располагает.

P.S. Если не углубляться в дебри, то в URL все, что до символа '?' - собственно адрес страницы, все, что между '?' и '#' - параметры, передаваемые серверу, а все, что после '#' - ссылка на метку внутри страницы (элемент ). Так что в Вашем случае всё так и было задумано. ()